Desde 1976 trabajó en Radio Municipal de Buenos Aires y en el diario Clarín.
Hacia 1979 se radicó en Washington D. C. para desempeñarse en el Banco Interamericano de Desarrollo y en la Organización de Estados Americanos. [cita requerida]
En 1982, retornó a la Argentina y se incorporó a la redacción de la agencia Noticias Argentinas. Más tarde, en 1984 ingresó al diario Ámbito Financiero para hacerse cargo de la sección política del matutino. 2 Yofre cursó el Colegio Militar de la Nación sin llegar a graduarse.
Como cronista de Ámbito Financiero acompañó a Carlos Menem en su gira proselitista, con vistas a las elecciones presidenciales de 1989, tiempo en el que entraron en confianza.
A pesar de su pasado militante en la Unión Cívica Radical, Menem del Partido Justicialista lo convocó para que se incorporase a sus filas. Luego de asumir el gobierno, lo designó al frente de la Secretaría de Inteligencia del Estado (SIDE) en julio de ese año. A comienzos de 1990, las fuertes disputas internas en el gobierno determinaron su salida.
Luego, cumplió funciones como embajador en Panamá, hasta 1992. Ese año, se hizo cargo de la Embajada argentina en Portugal; cesó en el cargo en 1993. A su regreso, Menem lo designó asesor presidencial, con rango de Secretario de Estado, se desempeñó en ese puesto hasta 1998, cuando renunció. Por esa primera destinación tuvo que declarar en el caso del tráfico de armas a Croacia, ya que oficialmente el embarque de armamento tenía como destino el país del canal interoceánico.
A partir de los años 2000, se dedicó a escribir libros sobre historia argentina contemporánea, respecto a su visión particular de la historia argentina Yofre protagonizó polémicas declaraciones en las que justificó el terrorismo de Estado amparado en la teoría de los dos demonios. En 2006, Tata Yofre en un «microemprendimiento criminal» con su compañero policía Pablo Carpintero y el periodista Héctor Alderete (director del portal de noticias Seprín [Servicio privado de inteligencia]). y el espía Iván Germán Velázquez, utilizando software de espionaje de propiedad del Estado nacional, entraban en las casillas de correo electrónico de manera clandestina y copiaban la información sustraída «en modo espejo» espiando a funcionarios nacionales entre ellos a la presidenta Cristina Férnandez de Kirchner, Jorge Capitanich, entre otros. para capturar de manera ilegal los mensajes de correo electrónico y las comunicaciones telefónicas de varios políticos, empresarios y periodistas argentinos: En 2012 la jueza federal Sandra Arroyo Salgado determinó que Yofre es quien se encontraba a la cabeza de una organización que desde agosto de 2006 y hasta junio de 2008, de una empresa criminal que con un fin lucrativo operó dedicada a la procuración, búsqueda, sustracción, revelación y comercialización ilegal de datos, archivos e información de diversa índole: político, social, militar y económicos.
En 2017 Héctor Pedro Vergez contó sobre la responsabilidad de Yofre en las negociaciones por la venta de los archivos del Batallón de Inteligencia 601 del Ejército Argentino, supuestamente adquiridos por el expresidente Carlos Menem, según Vergez la negociación estuvo a cargo de Juan Bautista Yofre y Fabián Doman.
En 2008, Yofre fue procesado por la justicia argentina junto a otros ocho acusados por espionaje a los gobiernos de Néstor Kirchner y de Cristina Fernández de Kirchner en una causa que se encuadra en las figuras de asociación ilícita y encubrimiento agravado.
La Cámara Federal de Apelaciones de San Martín investigó y proceso al exjefe de la SIDE, Juan Bautista Yofre; junto con el expolicía aeroportuario Pablo Alfredo Carpintero, al general del Ejército Daniel Manuel Reimundes; así como los periodistas Carlos Orlando Pagni (columnista de La Nación), Edgar Mainhard (Urgente 24), y Roberto García (columnista del diario Perfil).
La Cámara sostuvo que se tiene por acreditado que, al menos desde agosto de 2006 hasta agosto de 2008, los integrantes de la asociación ilícita interceptaron e-mails «de distintos funcionarios del gobierno nacional» Según confirmó la cámara, Yofre utilizaba contactos en la SIDE para obtener mecanismos de inteligencia. Fue embargado por 400 mil pesos.
Fue sobreseído en 2016 al considerar los camaristas que el invocado espionaje no era una violación de secretos de Estado a tenor de la Ley de Espionaje, destacándose que los correos electrónicos interferidos no contenían información susceptible de ser considerada secretos de Estado, bajo la citada ley.
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EL DRAMA DETRÁS DEL TELÓN
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«Claro, nosotros tenemos que autocriticarnos porque hemos hecho nuestro propio Perón más allá de lo que es realmente. Hoy Perón está acá. Nos damos cuenta de que Perón es Perón y no lo que nosotros queremos. Por ejemplo, lo que Perón define como socialismo nacional no es socialismo sino el justicialismo (…) la ideología de Perón es contradictoria con la nuestra, porque nosotros somos socialistas porque el socialismo es el estado que mejor representa los intereses de la clase obrera…»
MARIO EDUARDO FIRMENICH en una conferencia ante la Juventud Peronista, enero de 1974
A comienzos de 1976 un grupo de argentinos mereció el reconocimiento periodístico por su éxito mediático, profesional, deportivo y artístico al quedar reflejados en la tapa del 29 de enero del semanario Gente como «los personajes» del año 1975. Algunos siguen vigentes en la actualidad. Otros fallecieron. Entre estos últimos estaban el periodista Bernardo Neustadt; los campeones de box Nicolino Locche y Carlos Monzón; Juan Carlos Calabró, el actor cómico del año con su personaje «El Contra»; el célebre bandoneonista Astor Piazzolla; el joven cantante de tango Rubén Juárez; el juez Alfredo Nocetti Fasolino y el ministro del Interior, Ángel Federico Robledo. Todavía siguen vivos, entre otros, «personajes» como Mariano Grondona; la modelo Cristina Seoane, quien se casó con el jefe de Redacción del semanario anfitrión, Samuel Chiche Gelblung; Soledad Silveyra, Graciela Alfano, Antonio Gasalla, Jorge Martínez, Marilina Ross, Carlos Reutemann, Charly García Moreno, Guillermo Vilas, el goleador del año Héctor Scotta y el Balón de Plata Sudamericano, el riverplatense Norberto «Beto» Alonso. Todos quedaron congelados para el futuro, con sus rostros sonrientes, por la máquina fotográfica y la genialidad de Oscar Burriel. Entre los homenajeados había uno que no era humano y al que se lo podía ver en el medio del grupo. Era la Pantera Rosa, un personaje de ficción que entretenía televisivamente a niños y jóvenes. Aparecía como un ser desgarbado, inocente y tímido. Los argentinos ignoraban que tiempo más tarde, el teniente general Jorge Rafael Videla sería comparado trágicamente y en voz baja con ese personaje de la tira animada.
Como solía ser costumbre del semanario Gente, detrás del grupo de las figuras homenajeadas se levantaba un telón blanco que servía de fondo y cuyo objetivo era enmarcar y embellecer todo el cuadro fotográfico.
Podría decirse que detrás del telón se escondía un país a la deriva, cada día más violento por la acción subversiva de grupos de fuerte tendencia castrista y las respuestas brutales de una represión con vínculos paraestatales. La Argentina era un país cuyo presidente, Juan Domingo Perón, había fallecido el 1 de julio de 1974 tras pocos meses de mandato, y había sido sucedido por su esposa, María Estela Martínez Cartas de Perón, más conocida por su antiguo nombre artístico de Isabelita. Era francamente aceptado por casi toda la dirigencia nacional que Isabel no iba a poder llenar el enorme vacío dejado por el líder y que ese vacío iba a ser disputado, inicialmente, por los dos sectores más activos del Movimiento Nacional Justicialista: la denominada ortodoxia y la Juventud Peronista, enmarcada en la llamada tendencia revolucionaria.